L’Unione Europea con la Direttiva Habitat (Direttiva 92/43/CEE) ha istituito la rete ecologica europea “Natura 2000” al fine di garantire la biodiversità mediante la conservazione degli habitat naturali e seminaturali e della flora e della fauna selvatiche sul territorio degli Stati membri. Gli allegati I (tipi di habitat naturali di interesse comunitario) e II (specie animali e vegetali di interesse comunitario) della Direttiva Habitat forniscono indicazioni circa i tipi di habitat e di specie la cui conservazione richiede la designazione di Siti di Interesse Comunitario (SIC).

Oltre a queste aree di elevata naturalità che ciascun Stato europeo è tenuto ad individuare, la rete Natura 2000 è costituita anche da ZPS, "Zone Speciali di Conservazione" designate sempre dagli Stati membri in conformità alla Direttiva 79/409/CEE concernente la conservazione degli uccelli selvatici.

La Rete Natura 2000 è quindi costituita da:

• Zone a Protezione Speciale (ZPS)
  Istituite ai sensi della Direttiva Uccelli (79/409/CEE) al fine di tutelare in modo rigoroso i siti in cui vivono le specie ornitiche contenute nell'allegato 1 della medesima Direttiva. Le ZPS vengono istituite anche per la protezione delle specie migratrici non riportate in allegato, con particolare riferimento alle zone umide di importanza internazionale ai sensi della Convenzione di Ramsar.

• Siti di Importanza Comunitaria (SIC)
  Istituiti ai sensi della Direttiva Habitat al fine di contribuire in modo significativo a mantenere o a ripristinare un habitat naturale o una specie in uno stato di conservazione soddisfacente. Allo scopo di favorire gli obiettivi di conservazione e mantenimento della biodiversità nel rispetto della legislazione e della politica comunitaria in materia ambientale e, in particolare per la conservazione della natura ha costituito il programma comunitario LIFE Natura che nasce nel 2000.

Il Parco regionale Campo dei Fiori è parte delle Rete Natura 2000, perché custodisce al suo interno ben cinque Siti di Interesse Comunitario, i quali ricoprono quasi interamente l'area protetta dal Consorzio.

Il SIC Grotte del Campo dei Fiori comprende il versante meridionale del Monte Campo dei Fiori, dalla cresta di vetta (quota 1.100-1.226 m s.l.m.) fino a quota 700 m. Le grotte presenti nel SIC hanno una configurazione complessivamente omogenea: si tratta di gallerie sviluppate lungo strato, con inclinazione intorno ai 30°, dirette verso Sud, intervallate da tratti verticali (“pozzi”). La configurazione cambia sotto quota 600 m: nella fascia altimetrica 400-600 m sono presenti grosse condotte, fossili ed attive, orientate in senso E-W, che mettono in comunicazione i vari sottosistemi provenienti dal versante.
Le cavità carsiche del SIC non sono sfruttate turisticamente, ad eccezione delle Grotte Marelli e Remeron, al cui interno sono presenti infrastrutture che ne facilitano la visita: queste cavità vengono utilizzate per le iniziative didattiche organizzate o autorizzate dal Parco. Le restanti cavità sono frequentate esclusivamente e saltuariamente da associazioni speleologiche, conformemente a quanto prescritto dal Regolamento che disciplina l’attività speleologica nel Parco.

Sul  versante Nord del massiccio Campo dei Fiori si estende il SIC “Versante Nord del Campo dei Fiori” che nelle zone sommitali ospita estese faggete, querceti, grotte, boschi di tiglio e pareti rocciose calcaree, sulle cui rupi nidificano diversi rapaci e si scopre una rara vegetazione tipica degli ambienti rocciosi e con scarsa terra. Alle quote più basse, il “versante Nord” comprende anche due importanti zone umide: la torbiera del Carecc vicino Castello Cabiaglio e il laghetto di brinzio, dove ha sede il Consorzio di Gestione del Parco.

In posizione perpendicolare rispetto al Campo dei Fiori, nel Parco regionale sorge un complesso montuoso altrettanto interessante dal punto di vista naturalistico, formato dal Monte Legnone, Monte Martica e Monte Chiusarella, in cui sono localizzati due siti di Interesse Comunitario. Il “Monte Martica” include l’omonimo massiccio dove tra querceti e castagni, ci sono brughiere in cui si possono trovare fiori rari come la Gentiana pneumonanthe e diverse specie di Drosera, una pianta carnivora.
Nell’area sono incluse la totalità del territorio della Riserva Naturale Orientata del Paù Majur, dotata di Piano di gestione, e parte della Riserva Naturale Orientata del Monte Martica-Chiusarella (bacino del Torrente Castellera e versante orientale del Monte Martica, sino al fondovalle della Valganna).

Il SIC “Monte Legnone-Chiusarella” include, oltre all’area da Bregazzana al Monte Chiusarella, anche la parte più orientale del Campo dei Fiori che, dall’abitato di Santa Maria del Monte fino al Riserva del Lago di Brinzio, include il Monte Legnone. Questo SIC, percorso dalla valle della Rasa (Fiume olona), racchiude estesi boschi di pino silvestre, sorgenti pietrificanti e prati magri, habitat di interesse comunitario perché ospitano una notevole biodiversità, insetti compresi.

Il quinto sito di Interesse Comunitario del Parco Campo dei Fiori è il “Lago di Ganna”. Si tratta di un piccolo lago di origine glaciale vicino al Monte Martica, poco profondo ed alimentato dal torrente Margorabbia. Circondato da canneti e coperto da castagne d’acqua, lenticchie d’acqua e ninfee, nelle acque pulite del lago nuotano lucci, tinche, e nelle aree umide più piccole avviene la riproduzione di salamandre e rane. tra le sue sponde, dove crescono salici ed ontani, è stato organizzato un sentiero guidato per poter meglio ammirare l’airone cinerino, la ballerina gialla, il migliarino di palude ed altri rari volatili che trovano nel lago di Ganna il loro habitat naturale.