All'interno del Parco regionale sono istituite sei riserve naturali che racchiudono gli ambienti più importanti e caratteristici. Ogni riserva viene gestita attraverso uno specifico piano che ripartisce il territorio in  tre diverse aree con tre differenti gradi di tutela:

Zona "A" o Zona di maggior tutela. E’ l’area di maggior pregio naturalistico della riserva ed è stata individuata allo scopo di garantire il permanere del peculiare assetto vegetazionale presente e incrementare le condizioni adatte alla riproduzione e all'alimentazione della fauna, in particolare di quella legata alle aree umide.

Zona "B" o Zona di tutela della fauna e di ripristino ambientale. Questa zona è destinata prioritariamente alla tutela e alla gestione della componente faunistica acquatica o igrofila, in particolare degli Anfibi, anche mediante interventi che ne favoriscano la riproduzione quali il mantenimento e l’estensione degli invasi presenti nell’area.

Zona "C" o Zona di rispetto. E’ un’area nella quale vengono messi in opera interventi gestionali che consentono di favorire la tutela delle aree naturalisticamente più significative della Riserva e contemporaneamente di realizzare una connessione dell’area protetta con il territorio circostante.

Con il suo articolato sistema carsico ipogeo, aspre rupi calcaree e i vasti boschi di faggio e abete rosso, questa riserva è inclusa nei Siti di Interesse Comunitario del massiccio Campo dei Fiori.

Caratterizzato dagli ultimi lembi di prato-magro su suolo calcareo, ricchi di rarità di flora e fauna intervertebrata,la riserva è inclusa nei Siti di Interesse Comunitario del complesso montuoso Martica-Chiusarella.

Circondato da canneti e coperto da castagne d’acqua, lenticchie d’acqua e ninfee, nelle acque pulite del lago nuotano lucci, tinche, e nelle aree umide più piccole avviene la riproduzione di salamandre e rane. tra le sue sponde, dove crescono salici ed ontani, è stato organizzato un sentiero guidato per poter meglio ammirare l’airone cinerino, la ballerina gialla, il migliarino di palude ed altri rari volatili che trovano nel lago di Ganna il loro habitat naturale. La Riserva è compresa nell'omonimo Sito di Interesse Comunitario.

Il Lago di Brinzio è un piccolo specchio lacustre alimentato dal Torrente Intrino e dal Rio di Brinzio. Il lago è un sito riproduttivo di particolare importanza per gli Anfibi, la qual cosa determina la necessità di progettare adeguate opere al fine di evitare la falcidia che annualmente si verifica sulla strada Varese-Brinzio nel periodo riproduttivo. Nella parte a monte del Lago di Brinzio è presente il gambero di fiume, mentre nello specchio lacustre, gestito a fini ittici, non si segnalano specie di particolare rilevanza. Il rilevamento ornitico ha evidenziato la presenza di alcune specie di interesse (Airone cinerino, Gallinella d’acqua, Porciglione, Martin pescatore, Ballerina gialla), un popolamento simile a quello del Lago di Ganna, con dominanza di specie ad ampia valenza ecologica.

In prossimità di Brinzio, questa Riserva naturale orientata è inclusa nel Sito di Interesse Comunitario del Monte Martica ed è caratterizzata da pozze d'acqua in cui gracidano varie specie di anfibi e piccoli prati umidi del Molinion.  

La torbiera del Carecc è un‘area umida in corso di interramento: la vegetazione palustre e di sponda è minacciata dalla diffusione del frassino e di altri alberi. Sono presenti alcune specie floristiche protette, quali Aquilegia atrata e Gentiana asclepiadea. Si evidenziano la presenza della Rana di Lataste, rara specie particolarmente rilevante sotto il profilo naturalistico, e una particolare abbondanza di Salamandra salamandra (in immagine), diffusa anche in alcune aree boscate del Parco.