I boschi del Campo dei Fiori sono caratterizzato nella parte sommitale da una netta prevalenza di faggio, soprattutto sul versante Nord, e dalla presenza di un vasto rimboschimento di conifere.

Sotto i 600 m. di quota al faggio si sostituisce il castagno con frassino, tigli e acero montano in alcuni valloni profondi e umidi.

Nella parte nord-occidentale si trovano numerose e ancora ben conservate selve castanili, ultimi resti della civiltà contadina di un tempo. Un progetto in corso del Parco intende recuperare alcune di queste selve abbandonate ormai da decenni.

Notevole importanza dal punto di vista naturalistico è rivestita dall’ambiente rupicolo e dai prati aridi su substrato calcareo che presentano specie di interesse soprattutto tra la fauna invertebrata (Lepidotteri, Odonati, Ortotteri) e tra la flora (Orchidee, come Ophirys apifera e O. insectifera e Gentiana pneumonanthe).

I boschi del Parco ospitano una discreta varietà di rapaci sia nidificanti (Nibbio bruno, Falco pecchiaiolo, Poiana, Sparviero, Astore, Falco pellegrino) sia in migrazione (Biancone, Falco di palude).


E’ in corso un progetto, finanziato dalla CEE, che ha per scopo la conservazione dei pipistrelli presenti con diverse specie. Interessante la presenza del cervo e del capriolo, connessa all’attuale anche se discreta espansione di questi cervidi nel territorio montano.

Tra gli invertebrati, rimarchevole è la presenza di Duvalius Ghidinii, coleottero endemico della parte sommitale del massiccio Campo dei Fiori

L'Ente del Parco del Campo dei Fiori, grazie a un finanziamento comunitario, sta attuando un recupero dei cosiddetti "prati magri". Ridotti ormai a presenze sporadiche sino alla fine dell'Ottocento e ancora, qua e là, nei primi decenni del Novecento, non era raro incontrarli lungo i versanti della montagna, ricavati a fatica dal manto forestale e a fatica difesi contro il suo inevitabile ritorno.

Si tratta di praterie su suolo calcareo da cui un tempo si ricavavano prati da foraggio che andavano sfalciati un paio di volte l'anno e che contribuivano in maniera determinante a tenere in vita l'allevamento e la pastorizia.

Se ne incontrano ancora a Pregambarit e ai Valic, sopra Brinzio, nei dintorni di Santa Maria del Monte, poco fuori Bregazzana, Cabiaglio, Bedero e Rancio, sulla Martica e il Chiusarella, dove ancora pascola qualche gregge di pecore e capre (mentre sono ormai quasi scomparsi buoi e vacche, un tempo vanto dell'allevamento locale).

Questo ambiente che una volta occupava l'intero suolo del Campo dei Fiori è caratteristico non solo per la sua peculiarità ma anche per la presenza di interessanti specie faunistiche (farfalle, libellule e cavallette) e floristiche (orchidee).

All’interno del Parco del Campo dei Fiori sono presenti fenomeni carsici di notevole importanza per caratteristiche e dimensioni: sono note, al momento, più di 130 grotte, per un’estensione complessiva della rete di gallerie pari a circa trenta chilometri.

L’importanza della tutela del fenomeno carsico è sottolineata nella Legge istitutiva del Parco e nel principale strumento di pianificazione, il Piano Territoriale di Coordinamento. Quest’ultimo prevede l’emanazione di un regolamento per lo svolgimento dell’attività speleologica, che è stato predisposto grazie anche ad una lunga fase di consultazioni con le Associazioni Speleologiche ed è stato approvato dall’Assemblea Consortile. Il Regolamento è quindi operativo e vigente.

In sintesi, esso indica le modalità di tutela delle grotte e di accesso al sottosuolo: viene privilegiata la collaborazione con le Associazioni speleologiche locali, che hanno fornito, fino ad ora, la maggior parte delle informazioni sul fenomeno carsico nel Campo dei Fiori.

Il Consorzio del Parco ha di recente promosso la conoscenza e la tutela dei fenomeni carsici e della fauna ipogea tramite l’attivazione di un progetto Life, la messa in sicurezza di ingressi pericolosi con tecniche di ingegneria naturalistica, il posizionamento di segnaletica specifica, la realizzazione di attività divulgative.

Si auspica che la pubblicazione del Regolamento incrementi al possibilità di collaborazione con le Associazioni Speleologiche nello studio e nella salvaguardia del nostro patrimonio sotterraneo.

I Monumenti naturali sono aree di limitata estensione che comunque rivestono un particolare interesse di carattere geologico o biologico; quelli istituiti nel Parco sono i seguenti:

Fonte del Ceppo
Sorgente di origine carsica attiva tutto l'anno in comune di Varese. La si raggiunge dalla strada per la frazione Santa Maria del Monte.

Sorgente sulla SP 45 in comune di Cuvio
Sorgente di frattura all'interno di un tronco di Faggio in comune di Cuvio. La si osserva facilmente dalla strada provinciale.

Marmitte dei giganti del torrente Vellone
Forme di abrasione prodotte dall'azione erosiva dell'acqua a nord dell'abitato di Velate in comune di Varese.

Masso erratico di Brinzio
Complesso di massi di grosse dimensioni trasportati e depositati dai ghiacciai nella valle di Intrino, a 750 m circa, sul versante nord del Campo dei Fiori. È situato nei pressi dei sentieri n. 4 e 5, a sud di Brinzio.

Forre della Valganna
Profonde incisioni a pareti ripide, erose dall'acqua, ad alcune centinaia di metri a nord delle Grotte della Valganna in comune di Varese e Induno Olona. Salendo la Valganna le si incontrano circa 100 m dopo l'ultima galleria.

Cascata del Pesegh
Situata a monte di un ex filanda nel comune di Brinzio e formata dall'unione delle acqua dei torrenti Brivola e Valmolina. Si raggiunge dalla strada che da Brinzio porta a Rancio Valcuvia.