I Monumenti naturali sono aree di limitata estensione che comunque rivestono un particolare interesse di carattere geologico o biologico; quelli istituiti nel Parco sono i seguenti:

  • Fonte del Ceppo
    Sorgente di origine carsica attiva tutto l'anno in comune di Varese. La si raggiunge dalla strada per la frazione Santa Maria del Monte.

  • Sorgente sulla SP 45 in comune di Cuvio
    Sorgente di frattura all'interno di un tronco di Faggio in comune di Cuvio. La si osserva facilmente dalla strada provinciale.

  • Marmitte dei giganti del torrente Vellone
    Forme di abrasione prodotte dall'azione erosiva dell'acqua a nord dell'abitato di Velate in comune di Varese.

  • Masso erratico di Brinzio
    Complesso di massi di grosse dimensioni trasportati e depositati dai ghiacciai nella valle di Intrino, a 750 m circa, sul versante nord del Campo dei Fiori. È situato nei pressi dei sentieri n. 4 e 5, a sud di Brinzio.

  • Forre della Valganna
    Profonde incisioni a pareti ripide, erose dall'acqua, ad alcune centinaia di metri a nord delle Grotte della Valganna in comune di Varese e Induno Olona. Salendo la Valganna le si incontrano circa 100 m dopo l'ultima galleria.

  • Cascata del Pesegh
    Situata a monte di un ex filanda nel comune di Brinzio e formata dall'unione delle acqua dei torrenti Brivola e Valmolina. Si raggiunge dalla strada che da Brinzio porta a Rancio Valcuvia.
  • Laghetto della Motta d'oro
    Piccolo specchio d'acqua in avanzato stato di interramento sul versante sud del Campo dei Fiori in comune di Gavirate. In primavera migliaia di anfibi si recano a depositare le loro uova in questa area, uno dei pochi specchi d'acqua presenti sul versante sud del Campo dei Fiori. Recentemente le G.E.V. del Parco hanno riaperto, scavando a mano, due piccole pozze per contrastarne la chiusura in atto.

  • Stagno della Tagliata
    Piccolo stagno alimentato da acqua di falda in località Tagliata in comune di Varese. Importante per la presenza di una popolazione molto florida di Tritone crestato e per la deposizione di uova da parte di numerosi anfibi.